Как все начиналось? В 1994 г. московское отделение Фонда Евразия проводило свой конкурс грантов в Западной Сибири и использовало возможности трех местных организаций, среди которых оказались и сотрудники будущего «Сибирского центра». Это позволило не только получить первый опыт проведения межрегионального конкурса грантов, но и установить прочные взаимоотношения между некоммерческими организациями семи городов Сибири. К тому времени штат центра составлял пять человек. Появилась у СЦПОИ и миссия — поддержка демократических и экономических реформ через развитие некоммерческого сектора в Сибири и Забайкалье.
Так, 1 апреля 1995 г. был зарегистрирован Межрегиональный общественный фонд «Сибирский центр поддержки общественных инициатив». Формой общественной организации был выбран Фонд, поскольку «Сибирский центр» сразу ставил своей целью финансовую поддержку НКО Сибири через выдачу грантов.